Используйте Dr.Web для файловых серверов. Он устанавливается на сервере, на котором находятся данные папки. Так же вы можете проверять эти папки удаленно по сети. Этот функционал входит, например, в Антивирусный сканер Dr.Web для рабочих станций.
Если вы хотите проверять файлы удаленно, чтобы антивирусная проверка не влияла на производительность сервера, на котором находятся файлы, вы можете использовать Dr.Web для файловых серверов Unix версии 11.1. Данный продукт имеет возможность отправки файлов на проверку на удаленный сервер и организации кластера проверки.
Для удаленной проверки на сервере, на котором размещаются контролируемые сетевые папки должен быть установлен компонент Dr.Web Spider Guard, который будет отправлять все интересующие файлы на проверку на удаленный сервер. Модуль антивирусной проверки на данный сервер можно не устанавливать, но он должен быть на удаленном сервере.
Настройки для проверки различных папок могут также различаться.
Документация на продукт Dr.Web для файловых серверов UNIX. Выбор списка устанавливаемых компонент производится во время установки.